Місто виникло на мисі Мугран (араб.مقران) або Рас-ель-Хартум (Кінчик слонячого хобота). Звідси назва міста (al-Khartûm — хобот слона). Датою заснування міста вважається 1823 рік. Хартум був резиденцією хукумдара (єгипетського генерал-губернатора), що мав владу над п'ятьма провінціями Судану. У 1862 році в Хартумі проживало 45 000 осіб.
Хартум знаходиться у зоні тропічних пустель. Найтепліший місяць — травень із середньою температурою 34,4 °C (94 °F). Найхолодніший місяць — січень, із середньою температурою 23,9 °C (75 °F)[3].