На даному етапі брали участь 48 команд: 38 команд, які перемогли в раунді стикових матчів та 10 команд, які програли в раунді стикових матчівЛіги чемпіонів 2009—10. Команди були поділені на 12 груп по 4 команди в кожній групі. Дві перші команди із кожної групи продовжили змагання.
Починаючи з цього етапу матчі обслуговувались п'ятьма польовими арбітрами: окрім говного та двох бокових рефері, були присутні два арбітри, що слідкували за штрафним майданчиком. Це нововведення є частиною експерименту, санкціонованого ФІФА. [1]
На основі абзацу 4.05 правил УЄФА поточного сезону, якщо дві або більше команд здобудуть рівну кількість очок в змаганнях на груповій стадії, для визначення тих, хто просувається далі, будуть застосовані такі критерії:
більша кількість очок, здобутих в матчах між цими командами;
краща різниця м'ячів в матчах між цими командами;
більша кількість м'ячів, забитих на виїзді в матчах між цими командами;
краща різниця м'ячів в усіх матчах групової стадії;
більша кількість м'ячів, забитих в усіх матчах;
більший коефіцієнт клубу і його асоціації за останні п'ять сезонів.
1 29 жовтня 2009 року Контрольно-дисциплінарна інстанція УЄФА покарала загребське Динамо за поведінку вболівальників під час матчу із Тимішоарою. Згідно з рішенням наступні два матчі клуб провів за закритими дверима і був позбавлений трьох очок в груповому етапі. Клуб подав апеляцію, яка була розглянута після матчу з Аяксом. Після розгляду було ухвалено рішення про умовну дискваліфікацію клубу в єврокубках на 3 роки, а також замінило зняття трьох очок грошовим покаранням в розмірі €75,000.