У Лізі Європи УЄФА 2016-17 візьмуть участь 189 команд з усіх 54 асоціацій членів УЄФА. Рейтинг асоціацій, оснований на таблиці коефіцієнтів УЄФА, використовується для визначення кількості команд-учасниць для кожної асоціації:
Асоціації 1-51 (крім Ліхтенштейну) представлені трьома (3) командами
^Косово стало членом УЄФА 3 травня 2016 року.[3] УЄФА вирішила, що володар кубка Косова зможе взяти участь у розіграші Ліги Європи 2016-17, якщо відповідатиме критеріям відповідно до статті 15 УЄФА з ліцензування клубів і фінансового Fair Play. Ця оцінка буде проведена адміністрацією УЄФА до 31 травня 2016 року.[4]
Проте, представник Косова, Приштина, переможець Кубка Косова з футболу 2015—2016, в червні отримав відмову від УЄФА у зв'язку з відсутністю вимог ліцензування, а також через те, що клуб не може забезпечити відповідний стадіон та УЄФА не дозволяє їм проводити домашні матчі в іншій країні.[5][6]
^Азербайджан (AZE):«Зіра», що посіла 2-ге місце в Чемпіонаті Азербайджану з футболу 2015—2016, та «Інтер», що посів 4-те місце, кваліфікувалися до першого кваліфікаційного раунду, але «Зіра» не отримала ліцензію від УЄФА, тому що клуб існує професійно протягом менше трьох сезонів[7][8], а «Інтер» був виключений з участі в єврокубках сезону 2016—2017 Органом УЄФА з Фінансового Контролю Клубів.[9] Отже, путівки надані «Кяпазу», що посів 5-те місце, та «Нефтчі», що посів 6-те місце.
^Албанія (ALB):«Партизані» був переведений до другого кваліфікаційного раунду Ліги чемпіонів після виключення «Скендербеу» через договірні матчі.[10]
^Болгарія (BUL):ЦСКА, переможець Кубка Болгарії з футболу 2015—2016, кваліфікувався до другого кваліфікаційного раунду, але був виключений з участі в єврокубках сезону 2016—2017 Органом УЄФА з Фінансового Контролю Клубів.[11] Отже, «Левскі», що посів 2-ге місце в Професіональній футбольній групі А 2015–2016, братиме участь в другому кваліфікаційному раунді замість першого кваліфікаційного раунду, а путівка в перший кваліфікаційний раунд надана «Славії», що посіла 4-те місце.
^Греція (GRE):«Паніоніос», що посів 5-те місце в Грецькій Суперлізі 2015—2016, кваліфікувався до другого кваліфікаційного раунду, але був виключений УЄФА з участі в єврокубках сезону 2016—2017 з фінансових причин.[12] Отже, путівка надана «ПАС Яніна», що посів 6-те місце.
^Румунія (ROU):«Клуж», переможець Кубка Румунії з футболу 2015—2016, кваліфікувався до третього кваліфікаційного раунду, але не отримав ліцензію від УЄФА після подання про неспроможність у 2015 році.[16][17]«Динамо», що посів 4-те місце в Лізі I 2015—2016, кваліфікувався до другого кваліфікаційного раунду, але не отримав ліцензію від УЄФА після подання про неспроможність у 2014 році.[18][19] Отже, путівка в третій кваліфікаційний раунд надана «Віїторулу», що посів 5-те місце, а путівка в другий кваліфікаційний раунд надана «КСМС Ясси», що посів 7-ме місце, через те, що «Тиргу-Муреш», що посів 6-те місце, був виключений з участі в єврокубках сезону 2016—2017 Органом УЄФА з Фінансового Контролю Клубів.[9][17][20]
^Туреччина (TUR):«Галатасарай», переможець Кубка Туреччини з футболу 2015—2016, кваліфікувався до групового етапу, але був виключений з участі в єврокубках сезону 2016—2017 Органом УЄФА з Фінансового Контролю Клубів.[21] Отже, «Коньяспор», що посів 3-тє місце в Чемпіонаті Туреччини з футболу 2015—2016, братиме участь в груповому етапі замість третього кваліфікаційного раунду, «Істанбул ББ», що посів 4-те місце, братиме участь в третьому кваліфікаційному раунді замість другого кваліфікаційного раунду, а путівка в другий кваліфікаційний раунд надана «Османлиспору», що посів 5-те місце.
^Україна (UKR):«Дніпро», що посів 3-тє місце в Чемпіонаті України з футболу 2015—2016, кваліфікувався до групового етапу, але був виключений з участі в єврокубках сезону 2016—2017 Органом УЄФА з Фінансового Контролю Клубів.[9] Отже, «Зоря», що посіла 4-те місце, братиме участь в груповому етапі замість третього кваліфікаційного раунду, а путівка в третій кваліфікаційний раунд надана «Олександрії», що посіла 6-те місце.
У кваліфікаційних раундах і плей-оф команди розподіляються на сіяні та несіяні відповідно до їхнього рейтингу у таблиці коефіцієнтів УЄФА—2016,[22] за якими проводиться жеребкування, що розподіляє пари у двоматчевому протистоянні. Команди з однієї країни не грають одна з одною.
Жеребкування відбулося 20 червня 2016 року у швейцарському Ньйоні. Перші матчі відбулися 28 та 30 червня 2016 року, матчі-відповіді 5-7 липня 2016 року.
aПартизані замінив Скендербеу в другому кваліфікаційному раунді Ліги чемпіонів після його виключення через договірні матчі, тому Слован (Братислава) автоматично проходить до наступної стадії змагань.[10]
У груповому раунді беруть участь 48 команд: 16 команд, які автоматично потрапили в груповий етап, 22 переможці раунду плей-оф та 10 команд, які програли в раунді плей-оф Ліги Чемпіонів.
48 команд були розподілені за клубним рейтингом УЄФА 2016. За допомогою жеребкування команди були розподілені на 12 груп по 4 команди у кожній. Команди з однієї асоціації не можуть бути в одній групі.
У кожній групі команди грають одна з одною по 2 матчі: вдома та на виїзді (по круговій системі). Команди, що посіли перше та друге місця виходять у плей-оф.
У плей-оф братимуть участь 32 клуби: 24 клуби, що зайняли перші два місця на груповому етапі, і 8 клубів, що зайняли 3-і місця на груповому етапі Ліги чемпіонів.
↑CFR Cluj a intrat în insolvenţă![CFR Cluj has filed for insolvency!] (Romanian) . Gazeta Sporturilor. 4 лютого 2015. Архів оригіналу за 31 травня 2019. Процитовано 17 травня 2016.
↑Echipe romanesti in Europa[Romanian teams in Europe]. Ponturi-Bune.ro (Romanian) . 10 травня 2016. Архів оригіналу за 14 січня 2020. Процитовано 16 травня 2016.
«Манчестер Юнайтед»
«Аякс»
Едін Джеко
Жуліано
Ворскла
АЕК
Спартак (Москва)
Маккабі (Тель-Авів)
Динамо (Мінськ)
Сеннер'юск.svg){kind=small}
Сассуоло
Ріу Аве
Спартак (Трнава)
АІК
Нимме Калью
Марибор
Габала
.svg){kind=small}
Корк Сіті
ГІК
Русенборг
Партизані
Генріх Мхітарян