Команда була заснована 10 березня1923 року. Першим президентом команди був Хосе Кальдуш Альмеля. Спочатку офіційними кольорами «Вільяреалу» були чорний та білий, але у 1946-му році було прийнято рішення замінити їх на жовтий та синій. 17 червня1923-о року було введено в експлуатацію нинішній стадіон команди - Ель Мадриґал, а вже 21 жовтня там була проведена перша офіційна гра.
До сезону 1955/56 клуб виступав у нижчих дивізіонах країни, але за скутками сезону команда вийшла в третій національний дивізіон. В сезоні 1961/62 команда посіла 14 місце з 14-и можливих і знову повернулася в реґіональну ліґу. Однак там «Вільяреал» затримався недовго, і у сезоні 1966/67 повернувся в третій дивізіон. Після трьох сезонів команда забезпечила собі шлях у другий дивізіон, однак провела там всього два роки, оскільки у сезоні 1971/72 посіла 17-е місце з 17-ти можливих. Після чотирьох не дуже вдалих виступів у третьому національному дивізіоні клуб востаннє повернувся в першу реґіональну ліґу, але затримався там ненадовго (всього один сезон, 1976-1977 років) і зміг знову піднятися у Терсеру. З 1987 по 1990 роки команда перебувала в Сеґунді Б. Сезон 1990-1991 років став останнім у третьому національному дивізіоні, оскільки за його скутками поівши 2 місце клуб перейшов у Сеґунду Б. Наступного сезону команда виборола собі путівку у Сеґунду. Протягом наступних п'яти сезонів клуб посідав місця нижче середини турнірної таблиці ліги.
У сезоні 1997/98 команда посіла четверте місце і за підсумками розіграшу ігор плей-офф вперше за 65 років історії команди вийшла в Ла Ліґу. 31 серпня1998 року команда провела свою першу гру в елітному дивізіоні на «Сантьяґо Бернабеу», де «Вільярреал» поступився мадридському«Реалу» з рахунком 4: 1. У першій в історії команди грі в Ла Лізі у складі «підводників» були такі гравці як: Давід Альбельда, Андрес Палоп, Хесус Ґарсія Санхуан та Херардо Ґарсія. Незважаючи на вдалу першу половину сезону команда посіла 18-е місце і повернулася в Сеґунду. Сезон 1999-2000 років клуб завершив на 3 позиції, повернувши собі право виступати у вищому дивізіоні.
У чемпіонаті команда за скутками сезону посіла 7-е місце, у Кубку Іспанії «підводники не» пройти далі 1/8, програвши «Валенсії». Набагато краще були показники в Лізі чемпіонів. У кваліфікації команда без проблем пройшла «Евертон». За розподілом «Вільяреал» опинився в групі D, де суперниками іспанців були «Бенфіка», «Лілль» та «Манчестер Юнайтед». У групі вони забили лише 3 голи і пропустили один, однак вийшли з групи на першому місці. В 1/8 фіналу вони пройшли «Рейнджерс», в 1/4 фіналу в суперниках опинився міланський «Інтер» і знову перемога дісталася тільки завдяки ґолам на виїзді. Вперше в історії дійшовши до 1/2 фіналу ЛЧ вони програли лондонському«Арсеналу» за підсумками двох матчів.
Іспанія
