Професійні виступи розпочав у складі запорізького «Металурга» у 1989 році. 1994 року перейшов до дніпропетровського «Дніпра», у складі якого провів трохи більше двох сезонів. У 1995—1996 роках дніпропетровський клуб тренував німецький спеціаліст Бернд Штанге, який порекомендував гравця наставнику бременського «Вердера». Трансфер Скрипника до німецького клубу відбувся влітку 1996 року, трансферна сума склала 1,5 мільйони німецьких марок.
У німецькому клубі провів 6,5 сезонів, відіграв 137 матчів у Бундеслізі, 16 — в Кубку Німеччини та 6 в єврокубках. Багато ігор пропустив через травми. Рішення про завершення кар'єри гравця прийняв після завершення сезону 2003—2004 у віці 34 років.
Виступав за національну збірну України. Дебютував 7 вересня 1994 року у матчі проти збірної Литви (поразка 0:2). Усього у формі національної збірної провів 24 матчі, відзначився двома забитими голами.
Після завершення ігрової кар'єри 2004 року прийняв пропозицію залишитися в клубній системі «Вердера» в ролі тренера молодіжного складу. 2007 року отримав тренерську ліцензію УЄФА, що дає право тренувати команди Бундесліги.
Навесні 2009 року уклав новий контракт із керівництвом клубу, згідно з яким тренував молодіжну команду «Вердер» U-17 до 2013 року. 18 червня 2013 року очолив команду дублерів бременського клубу «Вердер ІІ».
25 жовтня 2014 року призначений головним тренером «Вердера» (Бремен) після звільнення з цієї посади за незадовільні результати Робіна Дутта[1].
18 вересня 2016 року його було звільнено з посади головного тренера «Вердера» після того, як команда програла 3 перші матчі сезону 2016/17. За словами головного директора «Вердера» дане рішення було прийняте по результатам непереконливої гри проти Боруссії з рахунком 4:1.[2]
3 червня 2019 року Скрипник очолив луганську «Зорю» після звільнення Юрія Вернидуба[3]. В своєму дебютному сезоні на чолі луганців виборов бронзу, в останньому матчі зігравши внічию з чернігівською «Десною» 1:1 і випередив команду Олександра Рябоконя в турнірній таблиці на 2 пункти. Після цього матчу на адресу луганської команди в соціальних мережах було досить багато критики, особливо на фоні паралельного матчу «Динамо» — «Колос», який завершився сенсаційною перемогою гостей з рахунком 0:2[4]. Невдоволення пасивною і не надто рішучою грою було обумовлене тим, що у разі перемоги «Зорі» над «Десною» вона вперше в своїй історії б посіла друге місце в чемпіонаті України (кияни в підсумку випередили підопічних Скрипника на 1 очко)[5].
Під час літнього трансферного вікна активно ходили чутки про те, що Віктор покине пост головного тренера «Зорі». На його місце різні спортивні ЗМІ сватали тодішнього тренера «Дніпро-1» Дмитра Михайленка, а Віктору пророкували перехід до лав дніпровського клубу якраз замість Дмитра.[6] Ці чутки повязували з тим, що президент клубу, Євген Геллер, запросив до співпраці футбольного агента Вадима Шаблія, з трансферною політикою якого Віктор був категорично не згоден і тому Геллер хотів змінити Скрипника на більш податливого та дипломатичного Михайленка. Зрештою, чутки не справдились і Скрипник все-таки почав сезон 2020/2021 на посаді головного тренера «Зорі».
Україна
«Дніпро»
Словенія
Литва