У футбол Ларссон почав грати з дитинства. Його першим професіональним клубом став «Гельсінгборг», до якого він перейшов у 1992 році. Забивши в першому ж сезоні 10 голів, Ларссон допоміг клубу піднятися до першого дивізіону. Забивши в наступному році 16 м'ячів, 22-річний Генрік став третім снайпером чемпіонату Швеції. Цей показник не пройшов повз увагу тренерів збірної, у якій він дебютував у жовтні 1993-го в матчі проти Фінляндії. Дебют нападник також відзначив голом.
Провівши чотири не дуже вдалих роки в Голландії у складі роттердамського «Феєноорда», де йому вдалося виграти лише Кубок, Ларссон вирушив до «Селтіка», виступи за який стали доленосними в його кар'єрі. 241 гол у 315 матчах загалом у всіх турнірах. Цей результат, якого він досягнув за сім років у «Селтіку», став третім за всю історію клубу. Більше за нього забили лише легендарні Джиммі Макґрорі (470 голів) та Боббі Леннокс (273). Ларссону не змогла завадити навіть тяжка травма, отримана в матчі другого раунду Кубка УЄФА 1999/00 проти «Ліона», через яку він пропустив більшу частину сезону.
Після невдалого для шведів чемпіонату світу 2002, Ларссон вирішив піти зі збірної, але вже до Євро-2004 повернувся у стрій. Одна з шведських газет зібрала близько 110 тисяч підписів уболівальників для того, щоб Ларссон повернувся до збірної, причому серед підписантів були прем'єр-міністр країни і тодішній президент УЄФАЛеннарт Юханссон, який особисто попросив Генріка змінити своє рішення.
У 2006 році став переможцем Ліги Чемпіонів у складі «Барселони». В фіналі віддав дві результативні передачі. Після двох років виступів за каталонський суперклуб, Генрік Ларссон вирішив повернутися на Батьківщину в рідний для себе «Гельсінгборг», відмовившись продовжити контракт з «Барселоною» через замалу кількість ігрової практики. Вболівальники «Барселони» вважають Генріка великим гравцем команди, і вдостоїли його честі персонального скандування під час футбольних матчів, чим можуть похвалитися лише декілька гравців теперішнього складу.
У проміжку з 1 січня по 12 березня2007 року виступав за «Манчестер Юнайтед» на умовах оренди. Манкуніанцям був потрібний забивний форвард, а для Ларссона це була можливість підтримати форму протягом шведського міжсезоння. Також він був дозаявлений «МЮ» на матчі вирішального етапу Ліги чемпіонів.
До Євро-2008 Ларссон, який ще після ЧС-2006 обіцяв залишити національну збірну, все ж повернувся до команди. Але це не допомогло шведам. У вирішальному матчі за вихід з групи D «тре крунур» зазнали першої поразки від Росії з рахунком 0:2.
У вересні 2008 року в матчі відбіркового циклу Чемпіонату світу 2010 проти Албанії Ларссон довів лік своїх матчів за збірну Швеції до 100.
В листопаді 2003 року Шведський футбольний союз у межах святкування 50-річчя УЄФА оголосив Ларссона найкращим футболістом Швеції за останні 50 років. У 2005 році Генрік отримав почесний вчений ступінь від Університету Стретклайд (Глазго), у знак визнання його футбольних заслуг та благодійності. В травні 2006 року британський консул у Барселоні від імені королеви Єлизавети II нагородив Ларссона званням кавалера Ордену Британської імперії за внесок у британський футбол.