Прапор являє собою три горизонтальних смуги однакового розміру. Відношення довжини прапора до його ширини становить 2:1. Дві зовнішні сині смуги символізують Тихий океан та Карибське море. Внутрішня біла смуга символізую землю між океаном та Карибським морем, а також мир та процвітання її жителів. П'ять синіх п'ятикутних зірок, розташованих посередині білої смуги у вигляді літери Х, символізують 5 країн колишньої Федаративної Республіки Центральної Америки (Сальвадор, Коста-Рику, Нікарагуа, Гватемалу та Гондурас) та надію, що ці країни можуть знову утворити єдину державу.
Цивільні судна та ті, що належать державі, ходять під державним прапором. Кораблі Флоту Гондурасу ходять під знаменем флоту, яке являє собою державний прапор, на якому замість п'яти зірок у центрі зображено державний герб країни над п'ятьма невеликими синіми зірками, розташованими у вигляді дуги.
