SDC1

SDC1
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 4GVC, 4GVD
Ідентифікатори
Символи	SDC1, CD138, SDC, SYND1, syndecan, syndecan 1
Зовнішні ІД	OMIM: 186355 MGI: 1349162 HomoloGene: 2252 GeneCards: SDC1
Онтологія гена Молекулярна функція • protein C-terminus binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding Клітинна компонента • lysosomal lumen • екзосома • extracellular region • integral component of membrane • Golgi lumen • integral component of plasma membrane • мембрана • cell surface • клітинна мембрана • external side of plasma membrane • GO:0009327 protein-containing complex Біологічний процес • glycosaminoglycan catabolic process • canonical Wnt signaling pathway • Загоєння ран • response to calcium ion • odontogenesis • glycosaminoglycan biosynthetic process • ureteric bud development • response to cAMP • positive regulation of exosomal secretion • Sertoli cell development • striated muscle cell development • positive regulation of extracellular exosome assembly • retinoid metabolic process • response to glucocorticoid • response to toxic substance • response to organic substance • response to hydrogen peroxide • glycosaminoglycan metabolic process • inflammatory response • myoblast development • leukocyte migration • cell migration • cytokine-mediated signaling pathway Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	6382	20969
Ensembl	ENSG00000115884	ENSMUSG00000020592
UniProt	P18827	P18828
RefSeq (мРНК)	NM_001006946 NM_002997	NM_011519
RefSeq (білок)	NP_001006947 NP_002988	NP_035649
Локус (UCSC)	Хр. 2: 20.2 – 20.23 Mb	Хр. 12: 8.82 – 8.84 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SDC1 (англ. Syndecan 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 310 амінокислот, а молекулярна маса — 32 462.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MRRAALWLWL		CALALSLQPA		LPQIVATNLP		PEDQDGSGDD		SDNFSGSGAG
ALQDITLSQQ		TPSTWKDTQL		LTAIPTSPEP		TGLEATAAST		STLPAGEGPK
EGEAVVLPEV		EPGLTAREQE		ATPRPRETTQ		LPTTHLASTT		TATTAQEPAT
SHPHRDMQPG		HHETSTPAGP		SQADLHTPHT		EDGGPSATER		AAEDGASSQL
PAAEGSGEQD		FTFETSGENT		AVVAVEPDRR		NQSPVDQGAT		GASQGLLDRK
EVLGGVIAGG		LVGLIFAVCL		VGFMLYRMKK		KDEGSYSLEE		PKQANGGAYQ
KPTKQEEFYA

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі як поліморфізм. Локалізований у мембрані. Також секретований назовні.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Kaukonen J., Alanen-Kurki L., Jalkanen M., Palotie A. (1997). The mapping and visual ordering of the human syndecan-1 and N-myc genes near the telomeric region of chromosome 2p. Hum. Genet. 99: 295—297. PMID 9050911 DOI:10.1007/s004390050360
• Subramanian S.V., Fitzgerald M.L., Bernfield M. (1997). Regulated shedding of syndecan-1 and -4 ectodomains by thrombin and growth factor receptor activation. J. Biol. Chem. 272: 14713—14720. PMID 9169435 DOI:10.1074/jbc.272.23.14713
• Bhatt A.S., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Craik C.S., Moasser M.M. (2005). Adhesion signaling by a novel mitotic substrate of src kinases. Oncogene. 24: 5333—5343. PMID 16007225 DOI:10.1038/sj.onc.1208582
• Liu X., Shepherd T.R., Murray A.M., Xu Z., Fuentes E.J. (2013). The structure of the Tiam1 PDZ domain/ phospho-syndecan1 complex reveals a ligand conformation that modulates protein dynamics. Structure. 21: 342—354. PMID 23395182 DOI:10.1016/j.str.2013.01.004
• Lories V., Cassiman J.-J., van de Berghe H., David G. (1992). Differential expression of cell surface heparan sulfate proteoglycans in human mammary epithelial cells and lung fibroblasts. J. Biol. Chem. 267: 1116—1122. PMID 1339431

Див. також

• Хромосома 2