Був обраний папою як компромісний кандидат за згодою імператора Священної Римської імперіїОттона I Великого. Через його звички та іноземну підтримку римляни не любили Івана. Одразу після обрання у грудні 965 року його було вислано з міста, проте у листопаді 966 року Іван XIII повернувся до Риму.