Франц прийшов у «Баварію» (Мюнхен) в 1958 році. Тоді «Мюнхен-1860» був відомішою та сильнішою командою, ніж «Баварія», але першими свою пропозицію щодо гри у команді висунули «баварці». У перших сезонах Бекенбауер грав ближче до нападу і чимало забивав. На чемпіонаті світу 1966, наприклад, 21-річний гравець діяв саме у півзахисті. Попри юний вік його гра викликала найкращі відгуки у фахівців та вболівальників. У сезоні 1965/66 мюнхенці вдало (3-є місце) дебютували у Бундеслізі, а Франца Бекенбауера назвали гравцем року.
Бекенбауер разом зі збірною зайняв 3-є місце на чемпіонаті світу 1970, став чемпіоном Європи-1972 і як капітан повів свою збірну до тріумфу на чемпіонаті світу 1974. Йому вручали «Золотий м'яч» для найкращого футболіста Європи у 1972 та 1976 роках. Початок 1970-х рр. запам'ятався футбольним протистоянням двох геніїв: голландського нападникаЙогана Кройфа та німецького вільного захисника Франца Бекенбауера. «Баварія» (Мюнхен), де виступали зірки світового футболу Ґерд Мюллер, Франц Бекенбауер, Зепп Майєр, Ганс-Ґеорґ Шварценбек, тричі поспіль вигравала Кубок європейських чемпіонів — у 1974—1976 роках.
«Кайзер» грав елегантно — чітко і швидко вибирав позицію в обороні та міг одним пасом вивести партнера на удар в нападі.
Завершував кар'єру в американській лізі, в команді «Космос» (Нью-Йорк) і щороку входив до символічної збірної чемпіонату.