Франц прийшов у «Баварію» (Мюнхен) 1958 року. Тоді «Мюнхен 1860» був відомішою та сильнішою командою, ніж «Баварія», але першими свою пропозицію щодо гри в команді висунули «баварці». У перших сезонах Бекенбауер грав ближче до нападу і чимало забивав. На чемпіонаті світу 1966, наприклад, 21-річний гравець діяв саме в півзахисті. Попри юний вік його гра викликала найкращі відгуки у фахівців і вболівальників. У сезоні 1965/66 мюнхенці вдало (3-є місце) дебютували в Бундеслізі, а Франца Бекенбауера назвали гравцем року.
Бекенбауер разом зі збірною посів 3-є місце на чемпіонаті світу 1970, став чемпіоном Європи-1972 і як капітан повів свою збірну до тріумфу на чемпіонаті світу 1974. Йому вручали «Золотий м'яч» для найкращого футболіста Європи у 1972 та 1976 роках. Початок 1970-х рр. запам'ятався футбольним протистоянням двох геніїв: голландського нападникаЙогана Кройфа та німецького вільного захисника Франца Бекенбауера. «Баварія» (Мюнхен), де виступали зірки світового футболу Ґерд Мюллер, Франц Бекенбауер, Зепп Маєр, Ганс-Ґеорґ Шварценбек, тричі поспіль вигравала Кубок європейських чемпіонів — у 1974–1976 роках.
«Кайзер» грав елегантно — чітко і швидко вибирав позицію в обороні та міг одним пасом вивести партнера на удар у нападі.
Завершував кар'єру в американській лізі, у команді «Космос» (Нью-Йорк) і щороку входив до символічної збірної чемпіонату.
Бекенбауер був тричі одружений і мав п'ятьох дітей, один з яких, Стефан, був професіональним футболістом[15][16], який помер після тривалої хвороби 31 липня 2015 року у 46-річному віці[17]. Син Стефана, Лука також став футболістом і грав у нижчолігових клубах[18].
Бекенбауер став почесним консулом Косово в 2011 році, щоб допомогти просувати кампанію Косова щодо членства в УЄФА та ФІФА[19].
Бекенбауер помер 7 січня 2024 року у 78-річному віці через природні причини, про що повідомила його родина[20][21][22].