Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
IRF1
Ідентифікатори
Символи
IRF1 , IRF-1, MAR, interferon regulatory factor 1
Зовнішні ІД
OMIM : 147575 MGI: 96590 HomoloGene: 1658 GeneCards: IRF1
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• цитоплазма • гіалоплазма • нуклеоплазма • клітинне ядро
Біологічний процес
• GO:0097285 апоптоз • regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation • CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation • regulation of innate immune response • negative regulation of regulatory T cell differentiation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • cellular response to interferon-beta • interferon-gamma-mediated signaling pathway • процес імунної системи • regulation of adaptive immune response • зсідання крові • regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway • transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • regulation of cell cycle • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • cellular response to mechanical stimulus • defense response to virus • type I interferon signaling pathway • regulation of immune response • регуляція експресії генів • вроджений імунітет • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of type I interferon production • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • negative regulation of cell population proliferation • positive regulation of interferon-beta production
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
н/д
Хр. 11: 53.66 – 53.67 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
IRF1 (англ. Interferon regulatory factor 1 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. [ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 325 амінокислот , а молекулярна маса — 36 502[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MPITRMRMRP WLEMQINSNQ IPGLIWINKE EMIFQIPWKH AAKHGWDINK
DACLFRSWAI HTGRYKAGEK EPDPKTWKAN FRCAMNSLPD IEEVKDQSRN
KGSSAVRVYR MLPPLTKNQR KERKSKSSRD AKSKAKRKSC GDSSPDTFSD
GLSSSTLPDD HSSYTVPGYM QDLEVEQALT PALSPCAVSS TLPDWHIPVE
VVPDSTSDLY NFQVSPMPST SEATTDEDEE GKLPEDIMKL LEQSEWQPTN
VDGKGYLLNE PGVQPTSVYG DFSCKEEPEI DSPGGDIGLS LQRVFTDLKN
MDATWLDSLL TPVRLPSIQA IPCAP
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів , активаторів , фосфопротеїнів .
Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет , вроджений імунітет , транскрипція , регуляція транскрипції , антивірусний захист, ацетилювання.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у цитоплазмі , ядрі .
Maruyama M., Fujita T., Taniguchi T. (1989). Sequence of a cDNA coding for human IRF-1. Nucleic Acids Res . 17 : 3292—3292. PMID 2726461 DOI :10.1093/nar/17.8.3292
Cha Y., Sims S.H., Romine M.F., Kaufmann M., Deisseroth A.B. (1992). Human interferon regulatory factor 1: intron-exon organization. DNA Cell Biol . 11 : 605—611. PMID 1382447 DOI :10.1089/dna.1992.11.605
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
Lin R., Hiscott J. (1999). A role for casein kinase II phosphorylation in the regulation of IRF-1 transcriptional activity . Mol. Cell. Biochem . 191 : 169—180. PMID 10094406 DOI :10.1023/A:1006850009017
Taniguchi T., Ogasawara K., Takaoka A., Tanaka N. (2001). IRF family of transcription factors as regulators of host defense. Annu. Rev. Immunol . 19 : 623—655. PMID 11244049 DOI :10.1146/annurev.immunol.19.1.623
Kroeger A., Koester M., Schroeder K., Hauser H., Mueller P.P. (2002). Activities of IRF-1. J. Interferon Cytokine Res . 22 : 5—14. PMID 11846971 DOI :10.1089/107999002753452610
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші