KDM5A

KDM5A
Наявні структури PDB Пошук ортологів: PDBe RCSB Список кодів PDB 2JXJ, 2KGG, 2KGI, 3GL6, 5C11, 5E6H, 5IWF, 5IVV, 5ISL, 5CEH, 5IVB
Ідентифікатори
Символи	KDM5A, RBBP-2, RBBP2, RBP2, JARID1A, lysine demethylase 5A
Зовнішні ІД	OMIM: 180202 MGI: 2136980 HomoloGene: 3419 GeneCards: KDM5A
Онтологія гена Молекулярна функція • DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • chromatin binding • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • oxidoreductase activity • chromatin DNA binding • histone demethylase activity • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity • zinc ion binding • methylated histone binding • GO:0031493 histone binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific Клітинна компонента • cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex • нуклеоплазма • protein-DNA complex • ядерце • клітинне ядро • histone methyltransferase complex Біологічний процес • male gonad development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • ритмічний процес • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • circadian regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • multicellular organism development • Сперматогенез • negative regulation of histone deacetylase activity • histone H3-K9 demethylation • histone H3-K4 demethylation • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific • regulation of DNA-binding transcription factor activity • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • ремоделювання хроматину Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	5927	214899
Ensembl	ENSG00000073614	ENSMUSG00000030180
UniProt	P29375	Q3UXZ9
RefSeq (мРНК)	NM_005056 NM_001042603	NM_145997
RefSeq (білок)	NP_001036068	NP_666109
Локус (UCSC)	Хр. 12: 0.28 – 0.39 Mb	Хр. 6: 120.34 – 120.42 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

KDM5A (англ. Lysine demethylase 5A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 690 амінокислот, а молекулярна маса — 192 095.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MAGVGPGGYA		AEFVPPPECP		VFEPSWEEFT		DPLSFIGRIR		PLAEKTGICK
IRPPKDWQPP		FACEVKSFRF		TPRVQRLNEL		EAMTRVRLDF		LDQLAKFWEL
QGSTLKIPVV		ERKILDLYAL		SKIVASKGGF		EMVTKEKKWS		KVGSRLGYLP
GKGTGSLLKS		HYERILYPYE		LFQSGVSLMG		VQMPNLDLKE		KVEPEVLSTD
TQTSPEPGTR		MNILPKRTRR		VKTQSESGDV		SRNTELKKLQ		IFGAGPKVVG
LAMGTKDKED		EVTRRRKVTN		RSDAFNMQMR		QRKGTLSVNF		VDLYVCMFCG
RGNNEDKLLL		CDGCDDSYHT		FCLIPPLPDV		PKGDWRCPKC		VAEECSKPRE
AFGFEQAVRE		YTLQSFGEMA		DNFKSDYFNM		PVHMVPTELV		EKEFWRLVSS
IEEDVIVEYG		ADISSKDFGS		GFPVKDGRRK		ILPEEEEYAL		SGWNLNNMPV
LEQSVLAHIN		VDISGMKVPW		LYVGMCFSSF		CWHIEDHWSY		SINYLHWGEP
KTWYGVPSHA		AEQLEEVMRE		LAPELFESQP		DLLHQLVTIM		NPNVLMEHGV
PVYRTNQCAG		EFVVTFPRAY		HSGFNQGYNF		AEAVNFCTAD		WLPIGRQCVN
HYRRLRRHCV		FSHEELIFKM		AADPECLDVG		LAAMVCKELT		LMTEEETRLR
ESVVQMGVLM		SEEEVFELVP		DDERQCSACR		TTCFLSALTC		SCNPERLVCL
YHPTDLCPCP		MQKKCLRYRY		PLEDLPSLLY		GVKVRAQSYD		TWVSRVTEAL
SANFNHKKDL		IELRVMLEDA		EDRKYPENDL		FRKLRDAVKE		AETCASVAQL
LLSKKQKHRQ		SPDSGRTRTK		LTVEELKAFV		QQLFSLPCVI		SQARQVKNLL
DDVEEFHERA		QEAMMDETPD		SSKLQMLIDM		GSSLYVELPE		LPRLKQELQQ
ARWLDEVRLT		LSDPQQVTLD		VMKKLIDSGV		GLAPHHAVEK		AMAELQELLT
VSERWEEKAK		VCLQARPRHS		VASLESIVNE		AKNIPAFLPN		VLSLKEALQK
AREWTAKVEA		IQSGSNYAYL		EQLESLSAKG		RPIPVRLEAL		PQVESQVAAA
RAWRERTGRT		FLKKNSSHTL		LQVLSPRTDI		GVYGSGKNRR		KKVKELIEKE
KEKDLDLEPL		SDLEEGLEET		RDTAMVVAVF		KEREQKEIEA		MHSLRAANLA
KMTMVDRIEE		VKFCICRKTA		SGFMLQCELC		KDWFHNSCVP		LPKSSSQKKG
SSWQAKEVKF		LCPLCMRSRR		PRLETILSLL		VSLQKLPVRL		PEGEALQCLT
ERAMSWQDRA		RQALATDELS		SALAKLSVLS		QRMVEQAARE		KTEKIISAEL
QKAAANPDLQ		GHLPSFQQSA		FNRVVSSVSS		SPRQTMDYDD		EETDSDEDIR
ETYGYDMKDT		ASVKSSSSLE		PNLFCDEEIP		IKSEEVVTHM		WTAPSFCAEH
AYSSASKSCS		QGSSTPRKQP		RKSPLVPRSL		EPPVLELSPG		AKAQLEELMM
VGDLLEVSLD		ETQHIWRILQ		ATHPPSEDRF		LHIMEDDSME		EKPLKVKGKD
SSEKKRKRKL		EKVEQLFGEG		KQKSKELKKM		DKPRKKKLKL		GADKSKELNK
LAKKLAKEEE		RKKKKEKAAA		AKVELVKEST		EKKREKKVLD		IPSKYDWSGA
EESDDENAVC		AAQNCQRPCK		DKVDWVQCDG		GCDEWFHQVC		VGVSPEMAEN
EDYICINCAK		KQGPVSPGPA		PPPSFIMSYK		LPMEDLKETS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, активаторів, регуляторів хроматину, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Kim Y.W., Otterson G.A., Kratzke R.A., Coxon A.B., Kaye F.J. (1994). Differential specificity for binding of retinoblastoma binding protein 2 to RB, p107, and TATA-binding protein. Mol. Cell. Biol. 14: 7256—7264. PMID 7935440 DOI:10.1128/MCB.14.11.7256
• Mao S., Neale G.A.M., Goorha R.M. (1997). T-cell oncogene rhombotin-2 interacts with retinoblastoma-binding protein 2. Oncogene. 14: 1531—1539. PMID 9129143 DOI:10.1038/sj.onc.1200988
• Chan S.W., Hong W. (2001). Retinoblastoma-binding protein 2 (Rbp2) potentiates nuclear hormone receptor-mediated transcription. J. Biol. Chem. 276: 28402—28412. PMID 11358960 DOI:10.1074/jbc.M100313200
• Benevolenskaya E.V., Murray H.L., Branton P., Young R.A., Kaelin W.G. Jr. (2005). Binding of pRB to the PHD protein RBP2 promotes cellular differentiation. Mol. Cell. 18: 623—635. PMID 15949438 DOI:10.1016/j.molcel.2005.05.012
• Secombe J., Li L., Carlos L., Eisenman R.N. (2007). The Trithorax group protein Lid is a trimethyl histone H3K4 demethylase required for dMyc-induced cell growth. Genes Dev. 21: 537—551. PMID 17311883 DOI:10.1101/gad.1523007

Див. також

• Хромосома 12